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作用方式不同：草銨膦是膦酸類，作用機理——積銨觸殺，抑制谷氨酰胺合成。草銨膦為膦酸類非選擇性傳導(dǎo)型除草劑，通過抑制谷氨酸合成酶這一植物的重要解毒酶作用，導(dǎo)致植物體內(nèi)氮代謝紊亂，銨過量積累，葉綠體解體，從而使植物光合作用受抑制，導(dǎo)致雜草死亡。
草甘膦，是一種廣譜性內(nèi)吸滅生性除草劑，傳導(dǎo)性極強，通過雜草的綠色部位吸收，傳導(dǎo)至全株，阻礙植株的光合作用導(dǎo)致死亡。可有效防治一、二年生的單子葉禾本科雜草，尤其對多年生深根雜草的地下組織破壞力極強，能達到一般農(nóng)業(yè)機械無法達到的深度，在農(nóng)、林、牧、園藝方面應(yīng)用廣泛。
二、傳導(dǎo)方式不一樣：
草胺膦是半內(nèi)吸或內(nèi)吸很弱無傳導(dǎo)的觸殺滅生，
草甘膦是內(nèi)吸傳導(dǎo)滅生。
三、除草速度不一樣：、
草銨膦一般為3天（正常氣溫），草甘膦一般要7～10天見效。
四、除草范圍不同：
草銨膦為廣譜、觸殺型、滅生型、非殘留除草劑，使用范圍很廣，草胺膦可以用在所有作物（只要不噴到作物上即可，行間施藥要加裝蓋或罩）。采用雜草莖葉定向噴霧處理，幾乎可以用于寬型種植的果樹、中耕作物、蔬菜和非耕地的雜草防除；能快速殺死100種以上的禾本科和闊葉雜草，特別是對耐受草甘膦的部分惡性雜草如牛筋草、馬齒筧、小飛蓬等效果非常好，成為禾本科與闊葉雜草的克星。
五、安全性能不一樣：
草銨膦在1～4天即可播種移栽。草銨膦低毒、安全、快速、環(huán)保、追肥增產(chǎn)，對土壤、作物根系和后茬作物無影響，持效期長，幾乎適用于所有作物除草，在土壤中易降解，對作物安全，不易漂移，更適用于在敏感期或霧滴漂移無法完全避免的玉米、水稻、大豆、茶園、果園等的除草使用。
草甘膦一般藥7天才播種移栽（一般需要草死亡后播種，草甘膦入土后很快與鐵、鋁等金屬離子結(jié)合而失去活性，對土壤中潛藏的種子和土壤微生物無不良影響.）；草甘膦是一種滅生性除草劑，使用不當會給農(nóng)作物到來安全隱患，特別是用其防除田埂或果園雜草時，易出現(xiàn)漂移藥害。要強調(diào)的是，草甘在果樹林譬如柑橘園使用時，對根系還是有破壞的，長期使用會導(dǎo)致果樹黃化等現(xiàn)象。
六、兩者前景不一樣：
草銨膦市場前景良好，增長迅速，但產(chǎn)品生產(chǎn)技術(shù)難度也較高，工藝路線也復(fù)雜，國內(nèi)僅有極少公司能規(guī)?；a(chǎn)。雜草專家劉長令認為，草銨膦無法打敗草甘膦，從成本來考慮，一噸草甘膦價格大約在2萬，一噸草銨膦價格大約在5萬——草銨膦的推廣，價格上的差距就是一道無法跨越的鴻溝。
草甘膦所面臨的核心問題，是抗藥性。因著草甘膦的高效、低價、人體代謝快等優(yōu)勢，草甘膦距離被市場自由淘汰尚且有很長一段時間。針對草甘膦的抗藥性問題，目前混配使用是一個不錯的對策。
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